Значит либо ты не всех завалил в поселении и кто-то из пиратов остался в живых, либо у тебя индивидуальный глюк игры. В первом случае проведи полную зачистку и пробеги по всем закоулкам, иногда мушкетеры забегают за дома и их не видно. Во втором случае напиши на форуме разработчиков о своей проблеме и приложи сейв.
Больше я ничем помочь не могу
У меня такого никогда не было.