Алик Рабинович, когда 1-й раз запускали игру стим много докачивал?
Есть подозрение, что то, что вы "скопировали" стим мог не распознать, как установленную игру и установить ККС сам - по новой. Т.е. меняя конфиг в "скопированной" игре вы запускаете "вновь установленную". Вот изменения и не происходят.
Запустите поиск engine.exe. Вполне возможно - обнаружите 2-а